Алексей Николаевич руководил Академией «Локомотива» с 2015 по 2018 год, после чего работал в Департаменте подготовки резерва РФС.
Во время руководства Щиголева команды Академии «Локомотива» неоднократно побеждали на российских и международных соревнованиях. Футболисты 2001 года рождения выиграли Кубок РФС, молодежка завоевала золото первенства России и вышла в плей-офф Юношеской Лиги УЕФА, «Казанка» дважды была призером ПФЛ, а многие выпускники Академии стали профессиональными игроками и сейчас выступают на самом высоком уровне.