3 ноября прошла жеребьевка четвертьфинальных пар. Игры состоятся 1 или 2 марта 2017 года.
Жеребьевка этой стадии требовалась только паре «Рубин» — «Сибирь». По правилам хозяин поля на стадии ¼ финала турнира определялся по наибольшей разности выездных и домашних игр, а в случае равенства этого показателя — жребием, при этом отсчет разности выездных и домашних матчей начинался с 1/16 финала.
Кубок России. ¼ финала
«Рубин» (Казань) — «Сибирь» (Новосибирск),
«Локомотив» (Москва) — «Тосно» (Ленинградская область),
«Уфа» (Уфа) — «Анжи» (Махачкала),
«Урал» (Екатеринбург) — «Краснодар» (Краснодар).